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如按陽離子分類，則朱砂、輕粉、紅粉等為汞化合物類；磁石、白然銅、赭石等為鐵化合物連類；石膏、鐘乳石、寒水石等為鈣化合物類、雄黃、雌黃、信石等為砷類化合物；白礬、赤石脂等為鋁化合物類；膽礬、銅綠等為銅化合物；密陀僧、鉛丹等為鉛化合物；芒硝、硼砂、大青鹽等為鈉化合物類；滑石為鎂化合物類等。
如按陰離子分類法，則朱砂、雄黃、自然銅等為硫化合物類；石膏、芒硝、白礬為硫酸鹽類；爐甘石、鵝管石為碳酸鹽類；磁石、赭石、信石為氧化物類；輕粉為鹵化物類等。
《中國藥典》（2000年版）對礦物藥采用的分類方法是根據其所含主要成分的陰離子種類分為“類”，再將化學組成類似，結晶體結構類型相同的種類分為“族”，族以下是“種”。種是礦物分類的基本單元，也是對礦物進行具體闡述的基本單為。本指南接《中國藥典》（2000版）對礦物的分類進行描述。
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