果實類中藥的藥用部位通常是采用完全成熟或將近成熟的果實，少數為幼果，如枳實；多數采用完整的果實，如五味子；有的采用果實的一部分或采用部分果皮或全部果皮，如陳皮、大腹皮等；也有采用帶有部分果皮的果柄，如甜瓜蒂；或果實上的宿萼，如柿蒂；甚至僅采用中果皮的維管束組織，如橘絡、絲瓜絡；有的采用整個果穗，如桑葚。
一、性狀鑒別

鑒別果實類中藥，應注意其形狀、大小、顏色、頂端、基部、表面、質地、破斷面及氣味等，并注意是完整的果實還是果實的某一部分，注意果實的頂端有無柱基等附屬物，下部有無果柄或果柄脫落的痕跡，是否帶有宿存的花被，如地膚子。果實類中藥的表面大多干縮而有皺紋，肉質果尤為明顯，果皮表面常稍有光澤，也有具茸毛的；有時可見凹下的油點，如陳皮、吳茱萸；一些傘形科植物的果實，表面具有隆起的肋線，如小茴香、蛇床子；有的果實具有縱直棱角，如使君子。完整的果實觀察外形后，還應剖開果皮觀察內部的種子，注意其數目和生長的部位（胎座）。
從氣味方面鑒別果實類中藥，也是很重要的。有的果實類中藥有濃烈的香氣，可作為鑒別真偽及品質優劣的依據。
二、顯微鑒別
果皮可分為外果皮、中果皮及內果皮三部分：
（1）外果皮   與葉的下表皮相當，通常為一列表皮細胞，外被角質層。有的具茸毛，多數為非腺毛，少數為腺毛，如吳茱萸；也有的具腺鱗，如蔓荊子；偶有氣孔存在。有的表皮細胞中含有色物質或色素，如花椒；有的表皮細胞間嵌有油細胞，如五味子。
（2）中果皮   與葉肉組織相當，通常較厚，大多有薄壁細胞組成，在中部有細小維管束散在，有的可見石細胞、油細胞、油石或油管等存在，如小茴香的中果皮內可見油管。
（3）內果皮   與葉的上表皮相當，是果皮的最內層組織，大多有一列薄壁細胞組成；也有內果皮細胞全為石細胞，如胡椒；有些核果的內果皮，可有多層石細胞組成。傘形科植物的果實常見“鑲嵌細胞”，即以5~8個狹長的薄壁細胞互相并列為一群，各群以斜角聯合，呈鑲嵌狀。
 果實內種子的顯微特征另在種子類中藥里敘述。