在審計的實施階段，審計人員要根據計劃階段確定的審計范圍、重點、步驟、方法，收集證據并進行評價，藉以形成審計結論。實施階段是審計全過程的中心環節，其主要工作內容包括：對被審計單位內部控制的建立及遵循情況進行符合性測試，根據測試結果修訂審計計劃；對會計報表項目的數據進行實質性測試，根據測試結果進行鑒定、評價。
（一）符合性測試
符合性測試是對內部控制制度的狀況以及是否得到貫徹執行而進行的測試。
需要指出的是，符合性測試并不是每個特定的審計項目都必須執行的。若出現下列情況之一時，審計人員可不進行符合性測試，而直接進行實質性測試流程：
1、  相關內部控制不存在；
2、  相關內部控制雖然存在，但審計人員通過了解發現其并未有效運行。
3、  符合性測試的工作量可能大于進行符合性測試所減少的實質性測試的工作量。
審計人員在對被審計單位的內部控制制度進行符合性測試以后，要對內部控制的有效性做出評價。評價種類可分為高信賴程度、中信賴程度和低信賴程度三種。如果審計人員將被審計單位的內部控制評價為高信賴程度，審計人員就可以更多地依賴內部控制，減少下一步實質性測試的程度；如果審計人員就要擴大實質性測試的程度，必要時可進行詳細審計。因此，審計人員可以根據符合性測試的結果確定實質性測試的性質、時間和范圍。
 
（二）實質性測試
所謂實質性測試，是指搜集直接證據所進行的更為深入的檢查。實質性測試的目的是為取得審計人員賴以作出審計結論的足夠的審計證據。實質性測試通常采用抽樣方式進行，其抽樣的規模需根據內部控制的評價和符合性測試的結果來確定。審計人員在實質性測試中要做以下主要工作：
1、  盤點實物
2、  檢查憑證
3、  核實賬戶記錄的金額
4、  核對有關記錄
5、  對相關資產和負債的期末余額進行函證
6、  對計算結果進行復算
7、  向有關人員進行查詢
8、  其它必要的工作
關于審計實施階段的工作，還有幾點需要加以說明的：
（1）實質性測試是實施階段必不可少的工作。盡管在實施過程中已經進行了符合性測試，但它不可取代實質性測試。
（2）實質性測試和符合性測試的結果是互相補充的。如果符合性測試的結果令審計人員滿意，則實質性測試的量可以少些。反之，實質性測試的量要大些。
（3）實質性測試和符合性測試在執行時間上有時存在交叉，實質性測試中的有些工作，可以在符合性測試之前進行。
（4）實質性測試和符合性測試是一個整體的各個階段，對各階段中的工作及其結果都應作好審計工作底稿，以便進一步對所取得的證據進行分析與綜合，據以發表審計意見。