自學考試考生在學完所有課程之后，必須在規定時間到當地招考辦提出畢業申請，才能畢業，取得畢業證書。
一、申請畢業應該具備的條件
1．考生完成所報專業考試計劃規定的全部課程，并取得合格成績；
2．考生完成所報專業考試計劃規定的實習、實驗等實踐環節考核，并取得合格成績；
3．考生完成所報專業規定的畢業論文、課程設計、綜合考核等，并取得合格成績；
4．對申請自學考試本科專業畢業的考生，要求須持具有學歷教育資格的高等學校、高等教育自學考試機構頒發的專科（或以上）學歷，審核依據為《教育部學歷證書電子注冊備案表》或《中國高等教育學歷認證報告》（認證工作在申請正式受理后5—20個工作日內完成），不能提供依據的考生將不能通過畢業審查；本科段的考生需申請對其專科階段取得的畢業證書進行學歷認定，并認定通過；申請免考的考生需提供所免考課程的相關材料，并認定通過；
5．政治思想鑒定合格。
二、申請辦理畢業的時間和地點
自學考試每年進行兩次畢業生審查工作，其畢業時間上半年為6月30日，下半年為12月30日。申請畢業的時間每年兩次，上半年在6月初，下半年在12月初，具體時間請與當地招考辦聯系。
三、申請辦理畢業的具體程序
符合畢業條件的考生，應在規定時間內持本人身份證、準考證和全部課程單科合格證書到當地招考辦申請辦理畢業。
1．考生需提供準考證、身份證和全部課程單科合格證書到當地招考辦進行初審，初審合格者發給畢業生登記表、畢業生報名登記卡，畢業生登記表和畢業生報名登記卡由考生本人填涂，所在單位（非在職人員由街道辦事處或鄉人民政府）在畢業生登記表上簽署意見后，于規定日期送交當地招考辦審核。審核合格者，上報省招考辦審核，由省自考委頒發相應的畢業證書，主考學校在畢業證書上副署。
2．畢業生的檔案材料包括：畢業生登記表、畢業證書、畢業生成績表（專用防偽紙打印）。畢業生登記表、畢業生成績表（專用防偽紙打印）由考生本人送所在單位組織、人事、勞動部門存入本人檔案；畢業證書由考生本人保存。
四、申請辦理畢業時的注意事項
1．《畢業生報名登記卡》、《畢業生登記表》必須由本人填（涂）寫。
2．考生必須認真核對考生的自然信息和成績信息，例如：姓名、性別、身份證號碼、主考學校，并簽字確認。
3．畢業生登記表上必須填寫身份證號碼，原來報名時用士兵證、軍官證號碼的必須改成身份證號碼，打印在畢業證書上的是身份證號碼。
4．考生修改姓名、身份證號等自然信息，需提供當地派出所出具的戶籍證明，對于身份證號自然升位的情況無需提供。
5．因考生本人原因造成的信息錯誤或不能如期畢業等一切后果，由本人承擔。
6．考生申報畢業時必須提供全部課程的單科合格證書，如果某單科合格證書丟失，請考生到省招考辦開具成績證明來頂替單科合格證書，開具成績證明的時間為每周一（法定節假日除外）。
7．未換新準考證的考生申請辦理畢業，首先由考生填涂《高等教育自學考試報名登記卡》，采集考生信息、照相，并提交畢業生申請材料，經市（縣、區）招考辦初審合格后，送省招考辦終審。
8．具有以下情況的考生不能按期畢業，待情況查清后隨下次畢業生一同辦理畢業或不予畢業。
（1）單科合格證書丟失，情況不清者；
（2）單科合格證書涂改、偽造等嚴重舞弊行為者；
（3）逾期未將畢業生材料交全者；
（4）畢業生登記表字跡不明、姓名不符、照片不合格者；
（5）未在規定時間內辦理轉考的相關手續；
（6）外省轉入考生，所考完課程與遼寧省同專業同層次考試計劃不一致者；
（7）有違紀行為，延期畢業未到期者；
（8）未辦理學歷認定或課程免考者；
（9）政治思想鑒定不合格者；
（10）有公民權的勞教、勞改人員服刑未滿者等。
五、省市招考辦進行畢業生審核
1．省、市招考辦成立畢業生審核小組，分別審核單科合格證書、畢業生名冊，同時審核各種證書上的照片是否是同一人的照片。大專、本科畢業證書由省招考辦打印、蓋章。中專畢業證書由市招考辦打印，經省招考辦審批后蓋章。
2．不符合畢業條件的考生材料退回各市。
3．畢業證書一律用全國統一印制的畢業證書和國家統一程序打印。
4．高等教育自學考試畢業證書蓋有遼寧省高等教育自學考試委員會紅印和鋼印、主考學校紅印章生效。中等教育自學考試畢業證書蓋遼寧省高等教育自學考試委員會紅印、鋼印方有效。畢業證書由本人保存，畢業生登記表及成績單交考生所在單位人事部門存檔。凡丟失、損壞一律不予以補發。
六、考生領取及查詢認證畢業證書
考生到當地招考辦去領取畢業證書。畢業證書和成績單如有錯誤，在領取證書7日內持原畢業證書和成績單及書面的情況說明到所在市（縣、區）招考辦申請更換，過期不予辦理。經當地市（縣、區）招考辦查明原因，確需更換的，統一上報省招考辦進行更換，省招考辦不接待考生本人更換。
自考畢業證書可以在中國高等教育學生信息網（HTTP：//WWW.CHSI.COM.CN）上查詢認證(根據教育部考試中心的要求，遼寧省從2013年6月起，對自學考試本科考生的前置學歷通過中國高等教育學生信息網進行學歷認定審查，對于在學信網上查詢不到前置學歷信息的考生，將不能查詢到本科畢業證書信息。)；或到發證機關查詢認證。
考生拿到畢業證書以后，省招考辦將畢業生的畢業信息上報給國家教育部，由教育部統一組織上網，所以考生在拿到畢業證書以后大約1個月的時間，可以在網上查詢到自己的畢業信息。如果在此期間想查詢，可以來人或來函到省招考辦自考處（地址：沈陽市皇姑區崇山中路33號，郵編：110031）查詢認證。
七、申請更正已注冊的畢業信息
需要更正已注冊畢業信息的考生由本人提出申請，并需提供以下證件和證明原件：1、本人身份證；2、本人畢業證；3、相關部門的證明。更正已注冊的畢業信息工作每年進行兩次，上下半年各進行一次，具體工作由考生畢業所在市招考辦負責查驗審核，匯總后在每年的6月、12月的中旬上報我辦，我辦審核匯總后再上報給國家。
高中等教育自學考試是國家級考試，所發畢業證書亦是國家承認學歷的證書。國家教育部對畢業證書的管理嚴格，規定畢業證書一律不予補發。遼寧省高中等教育自學考試堅決貫徹國家有關規定，對不論什么原因造成的畢業證書、畢業生成績表（專用防偽紙打印）、畢業生登記表等有關畢業材料的丟失不予補辦。希望畢業生及其所在單位妥善保管好畢業生有關材料，以免造成不必要的遺憾或麻煩。